福建生物工程職業(yè)技術學院設有馬克思主義學院、中醫(yī)系、藥學系、保健食品部、康復保健系、健康管理系、公共基礎設施部等部門，以下是具體名單，以供參考，可調整的，以學校最新公告為準。

1、學院

中醫(yī)學系、馬克思主義學院、藥學系、保健食品系、康復保健系、健康管理系、公共基建系

2、福建生物工程職業(yè)技術學院簡介

福建生物工程職業(yè)學院是福建省教育廳直屬學院，培育生物醫(yī)學、健康食品、康復和護理、醫(yī)療技術、以健康管理高級技術人才為重點的公辦全日制高職院校。

學校前身為創(chuàng)建于1980年5月的福建醫(yī)學院；2005年5月，成立福建生物工程職業(yè)技術學院。學校是中國醫(yī)學教育協(xié)會中醫(yī)藥技術傳承專業(yè)委員會主任委員單位、國家食品藥品監(jiān)督管理局技能大賽工作委員會主席單位，是國家首批“現(xiàn)代學徒制”試點學校之一、“1+X”養(yǎng)老職業(yè)技能等級證書試點學校，是“金陵康復醫(yī)學教育聯(lián)盟”成員，是國家中醫(yī)藥及保健服務標準研發(fā)和專業(yè)人才培訓基地。